การแปรงฟันถือเป็นปัจจัยหลักในการควบคุมการเกิดคราบจุลินทรีย์ หรือที่เราเรียกว่า ขี้ฟัน นั่นเอง ซึ่งเป็นเหตุเริ่มต้นในการเกิดโรคเหงือกอักเสบ และโรคฟันผุ การแปรงฟันจัดเป็นวิธีทางกล (mechanical cleaning) ที่ดีที่สุดในการกำจัดคราบจุลินทรีย์ และจะได้ผลดีมากยิ่งขึ้นเมื่อใช้ร่วมกับยาสีฟันที่มีส่วนผสมของฟลูโอไรด์ และอุปกรณ์ทำความสะอาดอื่นๆ เช่น ไหมขัดฟัน (dental floss) ส่วนการทำความสะอาดโดยทางเคมี เช่น น้ำยาบ้วนปาก เป็นเพียงการช่วยเสริมเท่านั้น โดยประสิทธิภาพในการทำความสะอาดนั้น ขึ้นอยู่กับปัจจัยหลายประการ เช่น ลักษณะของแปรงสีฟัน ระยะเวลาในการแปรงฟัน ทักษะส่วนบุคคล และการได้รับคำแนะนำวิธีการแปรงฟันอย่างถูกวิธี เป็นต้น ถ้าเราสามารถกำจัดคราบจุลินทรีย์ได้เองอย่างมีประสิทธิภาพ ก็จะเป็นวิธีที่ประหยัด สะดวก และให้ผลดีในระยะยาวในการป้องกันและควบคุมการเกิดโรคฟันผุ โรคเหงือกอักเสบและโรคปริทันต์
